形成陰莖短小的原因是多種多樣的，有先天的因素，也有后天的因素，遺傳基因的影響最為根本，常見原因如下：

1)在母體懷孕期間因藥施用不當，影響雄性激素的分泌，先生不足;

2)缺乏健壯性機能的營養(yǎng)和原素，形成先天發(fā)育不良;

3)青少年發(fā)育期間，攝入的鋅原素、雄性激素、維生素E和相關蛋白營養(yǎng)不足，缺乏后天能量補充，起不到壯大性器官的作用;

4)內體寒、怕冷、體內陽氣不足，致使陰莖不能完全凸出，有部分內縮于腹內;

5)性生活過度，身體虛弱或在青少年剛發(fā)育期間手淫過頻，使腎臟在發(fā)育時無能量去壯大發(fā)育性器官，形成陰莖短小;患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發(fā)育不全等癥及內分泌不平衡，雄性激素不足;

6)包皮過長，缺乏生長的必要空間，陰礙陰莖的發(fā)育生長。陰莖短小對性生活的影響

陰莖短小對男性性生活的影響并不是絕對的，有極個別男子的陰莖太短，確實會影響性生活。

第一種稱為小陰莖，多見于15—25歲的青年，常伴有第二性征發(fā)育不良，例如睪丸太小、沒有胡須、陰毛、腋毛，喉部較平等。這是由于體內缺乏雄激素所造成的。

雄激素缺乏有先天性和后天性兩類。先天性缺乏是在孕期內胚胎階段已發(fā)生，一般在出生后就會被發(fā)現(xiàn)。后天性缺乏是由于染色體或內分泌系統(tǒng)障礙所致，往往要到青春期，陰莖不能發(fā)育，遲遲未出現(xiàn)第二性征時才引起注意。但這類患者卻又要在青春期內治療才有效果。如果在20歲前后才發(fā)現(xiàn)性發(fā)育不良而求治，此時全身發(fā)育己成熟定型，再讓陰莖長大就較困難。

第二種稱為陰莖短小。陰莖勃起長度一般不超過5 CM;很難性交。但睪丸發(fā)育正常，陰毛、胡須等第二性征存在。本病的病因未明，一般認為與妊娠6—9個月期間雄激素過少有關，需去醫(yī)院檢查治療。

第三種是肥胖者的“陰莖短小”。這其實只是一種假象，因為肥胖者下腹部恥骨聯(lián)合前的皮下脂肪堆積，使陰莖大部分埋藏于皮下脂肪內，僅外露一小部分，粗看起來確實短一截。但是只要將陰莖周圍組織后推，仍可露出陰莖的全貌。肥胖會造成性器官接觸不良而影響性交，甚至陰莖無法進入陰道。這就要在?？漆t(yī)師指導下，采用特殊體位，便可獲滿意的性生活。